转基因大米和非转基因的大米最大的区别在于其基因片段上的区别，区别转基因大米和非转基因的大米最直接有效的方法就是通过实验来鉴定。可是作为普通的消费者很多根本没有条件进行实验来鉴定转基因。消费者一般只能凭植物肉眼可见的性状或购买产品时的外观来区别。从理论上讲，转基因大米与非转基因大米的区别只能是在目标性状上的差异，这与具体转什么基因有关系。到目前为止，获得许可证进行商业推广的转基因大米仅仅是转Bt基因的抗虫大米。
理论上讲，外观性状上，它与普通大米的根本区别是具有高抗螟虫的能力，其它没有根本性差异。这种转基因水稻种植时基本不需要喷施农药来杀螟虫，螟虫吃了植株以后是要自己死亡的，而非转基因水稻不具有这种抗虫的能力。至于市面上出售的加工大米，消费者应当从外观上看不出来与非转基因水稻有什么差异。此外，研究成功的转基因金色稻出名，转了3个基因后米粒里面会积累很高的类胡萝卜素，因此米粒显金黄色，这个与传统米的白色形成鲜明对比，消费者很容易辨别，但这种金色水稻还没有获准商业生产。
转基因大米和非转基因大米的区别最明显的就是通过实验来比较。下面来了解下实验的区别。
1、如果转基因大米为传统的标记基因、报告基因、T-DNA区段未删除的类型，则可以采用这些区段的通用保守引物进行基因组DNA的PCR检测，阳性的为转基因的，阴性的为非转基因的。
2、如果转基因大米为新技术研究的转基因后删除标记基因、报告基因而只保留目标基因的类型，其实它在保留目标基因的同时仍然随目标基因一起保留有一些T-DNA序列，因此广泛采用多种T-DNA检测引物进行PCR，或采用T-DNA探针进行Southern杂交即可，转基因的为阳性，非转基因的始终为阴性。
有机大米不是转基因大米，有机大米和转基因大米是不同层次的概念。有机主要指生产方式，而转基因更多在于育种方法上。
有机大米使用的是常规水稻育种。常规水稻是通过系统选育、杂交育种、辐射育种和化学诱变等方法培育的纯系品种，目前我国种植的大米大部分品种均为常规水稻。常规水稻在整个研发过程中，从未涉及转基因技术。而转基因水稻是通过转基因方法培育的水稻品种。所谓转基因是将基因人工转移的一种技术，它将人工分离和修饰过的基因转移到生物体的基因组中，由于导入基因的表达，引起生物体性状可遗传的变异，利用这种变异培育新品种。例如，通过转基因技术将胡萝卜素转化酶系统转入到大米胚乳中可获得外表为金黄色的转基因大米。
我国规定优质大米的生产分为无公害、绿色和有机三大类，三者的差别在于生产时所要求的土、水、气等环境条件和所用的化肥、农药等投入品不同，与使用品种无关，三者均需通过农委相关管理部门的认证。因此，有机大米只是优质大米的一种，与转基因没有关系。
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